Covid 29 ( suite)

Parce que j’ai voulu en savoir plus sur cette saleté de virus :

…..sur la piste de l’origine animale :

….Les chauves-souris …….

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…..et les pangolins.

Covid-19 : sur la piste de l'origine animale

Pangolin  » bébé  »

Comme écrit dans le billet précédent : Depuis le début de l’épidémie, tous les regards sont braqués sur la ville de Wuhan et son marché d’animaux vivants, d’où semble être partie la pandémie de Covid-19. Mais on n’a pas encore retrouvé le patient zéro, le premier humain infecté par le virus SARS-CoV-2, ni l’animal à l’origine de cette transmission. 

Depuis la crise du SRAS ( Syndrome Respiratoire Aigüe Sévère ) en 2002, qui a été suivie d’une seconde alerte en 2002/2003 (heureusement circonscrite immédiatement), les équipes chinoises sont sur le qui vive et ne cessent de chercher, dans la faune qui les entoure, les virus susceptibles de franchir la barrière des espèces pour pénétrer dans les cellules humaines. Il semble avéré que pour le SARS-CoV-2, le « réservoir » ( c’est-à-dire l’animal qui héberge le virus ) soit bien une chauve-souris. Mais on ignore encore précisément de quelle espèce. Quant au pangolin, il pourrait être « l’hôte intermédiaire » ( autrement dit le deuxième maillon de la chaîne de contamination, qui permet au virus d’évoluer afin de parvenir à infecter l’espèce humaine ). Mais là encore, ce n’est qu’une hypothèse et en réalité, les chercheurs n’ont pas encore identifié avec certitude l’animal qui joue ce rôle

Dans les mines désaffectées du Yunnan :

Après la crise du SRAS, dans le monde entier et principalement en Chine, les virologues sont partis à la recherche de coronavirus et ont prélevé des milliers d’animaux, constituant de gigantesques bases de données de génomes de virus. Avec l’émergence d’une nouvelle épidémie, dès que le génome du SARS – cov2  a été  »séquencé  », il a été possible de le comparer aux milliers de données disponibles.

Des équipes chinoises ont retrouvé trois génomes de virus de chauves-souris proches de notre SARS-CoV-2 humain. proches , mais pas identiques, ce qui est bien le problème. « Toutes ces études ont été motivées par la première épidémie de SRAS, en 2002-2003 », selon Alexandre Hassanin  spécialiste en évolution. Maître de conférence à Sorbonne-Université, il travaille sur la génétique des chauves-souris dans son laboratoire du Muséum d’histoire naturelle et ajoute « il y a donc eu pas mal d’expéditions sur le terrain et l’équipe de Wuhan est allée dans le Yunnan, le sud de la Chine, pour collecter des centaines de chauves-souris. Et sur l’un des individus, ils ont découvert un coronavirus – dont le génome a été complètement séquencé depuis – et qui est très proche du SARS-CoV-2 humain. ( Ils sont identiques à 96%, c’est le plus proche qu’on ait trouvé à ce jour ). Ce virus a été découvert chez une chauve-souris de l’espèce Rhinolophus affinis. » 

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<====Vol de chauve-souris

Alexandre Hassanin estime que l’équipe avait à l’époque récupéré au moins 300 à 400 chauves-souris sur ce site du Yunnan : 

Il faut imaginer ces mines abandonnées où gîtent des milliers chauves-souris. Il faut avoir la chance de tomber sur l’individu qui héberge le bon virus et en présente suffisamment pour être séquencé. Si les concentrations virales sont trop faibles, même avec des techniques moléculaires très pointues, on passe à côté de la détection.

Le virus, le plus proche du nôtre, a donc été collecté sur cette chauve-souris en 2013….L’équipe chinoise à l’origine de la découverte s’était rendue dans une mine désaffectée, dans le district de Mojiang. « Ce virus a été échantillonné à plus de 1 500 kilomètres de Wuhan et on n’en a jamais retrouvé de semblable depuis. C’est un peu le hasard qui fait qu’on l’a trouvé. A. Hassanin déclare n’être pas le seul à le penser, on ne peut pas prendre le RaTG13 comme un élément de preuve très solide. Ce n’est pas ce que les Américains appellent un « smoking gun », le pistolet encore fumant qui prouve que l’on vient de tuer quelqu’un. ( perso , je ne connaissais pas cette expression  » smoking gun  » F.) Il faut bien réaliser que malgré tous les efforts qu’ont fait les Chinois ,et ils ont dû prélever au moins 20 000 chauves-souris depuis la première crise du SARS , ce ne sont que des coups de sonde dans un univers de virus« .

Ce virus identifié en 2013 n’est donc pas « le » virus qui est venu infecter l’homme. Il s’agit plutôt d’un parent de ce virus, une sorte de cousin. Mais il semble tout de même que la chauve-souris qui l’a hébergé ,ou plus précisément le groupe auquel elle appartient , serve bien de « réservoir » à notre SARS-CoV-2. La chasse aléatoire au coronavirus s’est en effet soldée également par deux autres prises : en 2012 et en 2015, des chercheurs ont prélevé des chauves-souris et chez deux d’entre-elles, on a découvert deux coronavirus identiques au SARS-CoV-2 à 89%.  Ces deux chauves-souris étaient de l’espèce Rhinolophus sinicus, « une espèce qui n’est quasiment présente que en Chine , ce qui en fait d’ailleurs un bon candidat pour héberger le coronavirus responsable du Covid-19″, poursuit Alexandre Hassanin, « Mais je pense pour ma part , déclare -t-il ,que le réservoir de ce virus, ce n’est pas une seule espèce mais que ce sont plusieurs espèces du genre Rhinolophus. Il faut imaginer que ces virus sont échangés régulièrement entre espèces, certaines les acceptant plus facilement que d’autres, et il y a peut-être d’autres espèces parmi les Rhinolophus qui n’ont pas encore été échantillonnées. » Des espèces susceptibles, donc, d’héberger un coronavirus encore plus proche du SARS-CoV-2.

Les chauves-souris hébergent au moins 500 coronavirus

Les chauves-souris sont de véritables « nids » à virus, rappelle Jean-François Julien

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, qui se hâte d’ajouter qu’elles ne sont pas « dangereuses » pour autant. La densité de virus s’explique en partie par le grand nombre d’espèces (c’est valable pour tous les groupes d’animaux) et par leur capacité à se regrouper entre espèces, justement. C’est ce que l’on nomme leur  « grégarité interspécifique ». Cela permet aux mammifères d’échanger des virus entre eux et aux virus de se recombiner, ce qui augmente leur chance de pouvoir trouver de nouvelles cibles à infecter. C’est particulièrement vrai des chauves-souris dont différentes espèces s’accrochent parfois à « touche-touche » dans leurs gîtes. 

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Des pipistrelles communes gîtent dans une habitation. France

Pour se faire une idée de la variété du monde des chauve-souris, il faut savoir qu’il y a : « 35 espèces de chauves-souris en France et on en a trouvé une dizaine de nouvelles depuis la fin des années 80″ s’émerveille Jean-François Julien, « Comme dans beaucoup de groupes d’animaux, les progrès des analyses ADN nous ont montré que des animaux qu’on croyait appartenir à la même espèce sont d’espèces différentes. Dans le monde, on estime qu’ il y a environ 1400 espèces de chauves-souris et une vingtaine de nouvelles espèces sont découvertes chaque année. On ne peut donc pas donner de chiffre précis. En Chine, pays plus grand et plus chaud que la France, on dénombre au moins 110 espèces de chauves-souris, et parmi le groupe des Rhinolophus, il y a au moins 14 espèces différentes.  »

 » Depuis la crise du SARS, les équipes chinoises collectent donc des spécimens et auraient « caractérisé au moins 500 coronavirus chez les chauves-souris. Et ils pensent qu’il y en a probablement 5 000 ! », s’exclame Jean-François Julien. Tous sont cependant loin d’être capables d’infecter l’homme

Depuis que l’on s’intéresse à cette famille de virus, on a dénombré uniquement 7 coronavirus différents qui ont réussi à pénétrer des organismes humains. Quatre d’entre eux donnent de petits rhumes bénins et étaient, jusqu’aux années 2000, passés presque inaperçus tant leurs effets sont négligeables. !!!

Trois autres coronavirus respiratoires dangereux ont provoqué les trois flambées épidémiques qui ont effrayé la planète : le virus MERS-CoV a provoqué de petites épidémies de MERS au Moyen-Orient. Il y a environ un siècle que ce virus ( probablement hébergé initialement chez les chauves-souris ) a contaminé les dromadaires, qui sont devenus son « réservoir ». Deux autres coronavirus respiratoires , issus d’une même famille de virus , ont provoqué les crises du SARS et la toute dernière pandémie de Covid-19. Or, jamais aucune équipe n’a découvert chez les chauves-souris un virus absolument identique à ces tueurs.

Cependant ,même si on n’a pas retrouvé « la coupable », il ne fait pratiquement aucun doute que le « réservoir animal » des coronavirus transmissibles sont bien les chiroptères, appartenant plus précisément au groupe des Rhinolophes. Ces dernières ont été étudiées plus particulièrement par une équipe de chercheurs du laboratoire de virologie de Wuhan, menée par la célèbre virologue Shi Zheng – Li ,

qui avait déjà identifié le fameux virus RaTG13 dans la mine désaffectée de Mojiang. 

Cette fois, pendant 5 ans, son équipe a observé les chauves-souris d’une grotte où elles dorment par 22° à 25° degrés. Cette cavité est située dans le Yunnan, à 60 km de la ville de Kunming et à 1 km, seulement, d’un village. En 2017, les chercheurs ont présenté une synthèse de leurs travaux qui montre que les virus circulant dans cette grotte ont très vraisemblablement pu se recombiner pour faire émerger une souche capable d’infecter l’espèce humaine. Ils ont ainsi séquencé entièrement 11 nouveaux virus, jusque là totalement inédits, tous de la famille des SARS-CoV – et présentant, s’ils parvenaient à se mêler, les armes nécessaires à l’attaque d’une cible humaine. Ce qui ne veut pas dire, encore une fois, que le SARS-CoV-2 soit issu de cette grotte.

Ce doute est partagé par un autre scientifique. Eric Leroy travaille à  l’Institut de recherche pour le développement. Membre de l’Académie nationale de médecine et de l’académie vétérinaire, il a beaucoup étudié le virus Ebola . Lui aussi pense que pour le Covic-19, toutes les pistes restent ouvertes : « Effectivement, ce serait une erreur de se focaliser sur le pangolin. Il faut envisager l’implication de n’importe quelle espèce animale. » Le virologue rappelle qu’en ce qui concerne le réservoir du virus, les choses sont plus claires : « Pour les chauves-souris, on a caractérisé des séquences de virus très semblables (au SARS-CoV-2 , NDLR) chez les Rhinolophes. Et les deux autres virus très proches du SARS-CoV-2, qui sont le SARS-CoV et le MERS-CoV, ont également identifiés chez des chauves-souris du même genre. Donc, au niveau de la source primaire, on a dépassé le stade d’hypothèses, il y a une quasi certitude que ce sont les chauves-souris. Après, tous les scénarios sont possibles. » 

Remonter le fil vers l’origine du Covid-19 est d’autant plus difficile que les chercheurs travaillent pour l’instant sur des virus de chauves-souris et pangolins prélevés il y a des mois, voire des années. Or le temps joue contre eux souligne Eric Leroy : « Vous savez que tous les virus, comme tous les êtres vivants de manière générale ainsi que les micro-organismes ,sont en perpétuelle évolution..   Et la difficulté est justement de comprendre ce qui gouverne cette évolution. Chaque virus vit en équilibre avec son hôte, son animal réservoir. Normalement, il existe ce qu’on appelle une barrière d’espèce, une spécificité d’hôte qui empêche le virus d’infecter d’autres espèces animales. Sauf s’il évolue … Et c’est tout l’enjeu de ces recherches qu’il faut mener aujourd’hui. »

Un ancêtre commun il y a 30 ou 40 ans

Le RaTG13, le virus le plus proche du SARS-CoV-2 découvert chez la Rhinolophus affinis en 2013, et les autres virus découverts chez les pangolins malais ne sont donc pas les suspects directs qui causent le Covid-19. « Ce sont des cousins, qui ont été trouvés à des périodes différentes », insiste Alexandre Hassanin, du Muséum d’histoire naturelle. « Cela veut dire que ces virus animaux partagent un ancêtre commun avec le SARS-CoV-2 et qu’ils ont divergé il y a quelques décennies. Ils partageaient cet ancêtre commun il y a probablement 30 ou 40 ans, on peut l’estimer à partir des datations moléculaires, mais cela reste une estimation. Ensuite, à partir de cet ancêtre, les virus évoluent, s’adaptent, mènent leur vie. Certaines lignées s’éteignent, d’autres survivent. Leur dynamique est très importante. » 

Voilà pourquoi il faudrait relancer au plus vite les investigations. Quand on demande à Eric Leroy si des captures de chauves-souris ou des séquençages de virus sont en train d’être menés, il paraît sceptique. « Il n’y a pas d’équipe, ni européenne ni américaine, qui le fasse en ce moment. Nous avons donc présenté un projet, qui a été accepté d’ailleurs par l’Agence nationale de la recherche, et qui sera financé sur les fonds débloqués par le gouvernement. Notre projet a été sélectionné, mais maintenant on est obligés d’attendre que la situation sanitaire se normalise un peu avant d’entamer les recherches. Sur place, y a-t-il actuellement des équipes chinoise qui travaillent ? Peut-être, mais tant que les articles issus des travaux de recherche en cours n’ont pas été publiés, il est difficile de savoir ce qui se passe réellement. » Pour Jean-François Julien, il est extrêmement probable que les équipes chinoises soient en train de collecter un maximum d’informations : « Les Chinois ont déjà publié sur des prospections de l’été 2019. Vu les délais habituels des publications scientifiques, ce n’est pas si mal !  Et il arrive qu’ils signent des papiers avec des chercheurs occidentaux comme Edward Holmes  , de l’université de Sidney « , insiste Jean-François Julien. Le projet auquel participe Eric Leroy implique l’IRD (l’Institut de recherche pour le développement), le CNRS et l’Université de Caen, qui vont s’appuyer sur des partenaires locaux…..La traque du virus doit donc être la plus large possible, insiste Eric Leroy : « Quand on mène des études qui visent à identifier l’origine d’un phénomène infectieux, d’une épidémie, d’un passage à l’homme, il ne faut pas émettre d’hypothèses, car c’est là vraiment la meilleure façon d’échouer et éventuellement d’aller vers des fausses pistes. » Donc, l’objectif, justement, c’est de se dire que tout est possible .  Le virus peut effectivement avoir émergé au niveau de la ville de Wuhan, ou du marché, mais il se peut aussi que le virus circule, comme on le dit, à bas bruit depuis très longtemps et qu’il soit originaire d’un autre pays que la Chine.« 

Mais comment, concrètement, chercher une aiguille dans une botte de foin ?  » il n’y a probablement pas, c’est même quasiment certain, de spécificité géographique. En général, quand un virus est présent quelque part, il est présent dans une région très, très vaste » croit savoir Eric Leroy, « mais, ce n’est pas la peine d’aller partout. On part d’un endroit, d’un site modèle qui paraît favorable au contexte épidémiologique actuel. On reste focalisé sur ce site.  Par exemple, si on s’intéresse aux Rhinolophes, ça peut-être une grotte, on en sélectionne juste une. Et ensuite, petit à petit on va élargir les champs.

L’homme a toujours cohabité avec les chauves-souris ….

Que sait-on finalement de l’origine animale du SARS-CoV-2 ? P Probablement que nous en sommes au tout début de l’enquête. Rien ne démontre pour l’instant qu’il y ait eu de transmission directe entre les chauves-souris et l’homme. Les virus les plus proches découverts, même le RaTG13 de la Rhinolophus affinis, ne peuvent pas pénétrer dans les cellules humaines. Les deux virus identifiés chez les pangolins, qui ne vivent pas en Chine, pourraient pénétrer nos organismes mais ils sont loin d’être identiques au SARS-CoV-2, leurs génomes présentent trop de divergence pour être la source directe du Covid-19. Ne reste que la quasi-certitude qu’une espèce (ou plusieurs) de chauve-souris est bien le réservoir du coronavirus qui a réussi , très probablement par l’entremise d’un ou plusieurs autres hôtes animaux , à sauter la barrière d’espèce. Mais cela ne doit pas nous conduire à regarder les chiroptères comme nos ennemis. Bien au contraire, affirment les spécialistes du Muséum d’histoire naturelle. De tout temps, l’homme a cohabité avec les chauves-souris et elles vivent paisiblement à nos côtés sur tous les continents. « Depuis que l’on construit des bâtiments en Europe, on a des chauves-souris qui s’installent. En France, on connaît des centaines de colonies qui gîtent dans un grenier, derrière un volet. A la campagne, c’est courant. On connaît même au moins deux maisons, une en Lorraine et une dans le Cher ( PRES DE CHEZ MOI !! ) , où les chauves-souris qui y vivent sont porteuses de la rage. Les habitants sont informés et prévenus qu’ils ne risquent rien tant qu’ils ne touchent pas les animaux et ne se font pas mordre »insiste Jean-François Julien. « J’ai un collègue à Kisangani, en République Démocratique du Congo, qui hébergeait il y a quelques années un couple de chauves-souris dans son bureau. Elles s’étaient installées sous une table et la cohabitation était parfaite. » Il n’en reste pas moins vrai qu’en cas de morsure ou de contact non protégé, les hommes peuvent entrer en contact avec des virus hébergés par ces petits mammifères. D’une manière générale, si les chauves-souris sont indéniablement porteuses d’un très grand nombre de virus, elles ne sont pas l’animal qui a transmis le plus de maladies aux hommes dans l’histoire. « Les rongeurs, qui comptent presque deux fois plus d’espèces que les chauves-souris ont provoqué plus de zoonoses », assure Jean-François Julien. Il cite deux articles scientifiques parus dans Nature et la Royal Society Publishing  à l’appui de sa thèse. Avant de conclure dans un sourire « Nous, on cite ces publications pour défendre des chauves-souris, mais c’est la réalité en même temps. » 

Voilà !!!!

J’ai appris pas mal de choses , si personne ne lit : Pas grave !

2 réflexions sur “Covid 29 ( suite)

  1. Bonsoir Anne,
    Et bien , tu as eu la patience de lire ce billet ? !
    Je ne crois pas qu’on sache la vérité un jour ……
    Comme souvent , on nous racontera une histoire farfelue sans nous dire la vérité qui vient certainement de plus ‘ haut  » qu’on ne croit ….( Expérience  »militaire  » par exemple )
    A plus
    Merci pour être passée
    F.

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